Paskelbtas palaimintuoju popiežius Paulius VI iki pabaigos tęsė Vatikano II Susirinkimą.
Vykstant susirinkimo vardu daromoms reformoms jis viešai aimanavo ne vieną kartą.

1968 m. gruodžio 7 d.:
„Bažnyčiai atėjo nerimo, savikritikos, galima sakyti, savigriovos valanda.
Atrodo, tarsi Bažnyčia muštų pati save.“

Kitais metais popiežius sakė:
„Daugelyje sričių Susirinkimas, užuot atnešęs ramybę, sukėlė įvairius
sunkumus ir problemas, kurios tikrai nepadeda stiprinti Dievo karalystės
Bažnyčioje ir sielose.“

1972 m. liepos 29 d. Paulius VI ištarė žodžius, kurie iki šiol gąsdina: „Šėtono dūmai per kažkokį plyšį įsiskverbė į Dievo šventovę. Visur išplito abejonės, netikrumas, nesutarimai, nerimas, nepasitenkinimas, konfliktai…“